中国临床微生态研究协作组(CALM)微生物组生物信息培训班(2021第一期)


10月18日,2021“瑞珠学院”科研能力提升训练营人体微生物组医学前沿论坛暨重大慢病微生态地域异同及关键标志物挖掘多中心临床研究/CALM2101项目启动会进入内部培训阶段——中国临床微生态研究协作组(CALM)微生物组生物信息培训班(2021第一期)

内部培训是分析工具和研究方法培训专场,授课专家主要分享了meta分析工具CAMP分析工具使用方法注意事项,以及各类临床研究方法。数据分析工具现场教学,极具操作性和实战性。

课程结束后,大会主办方向每位学员颁发了结业证书。中国临床微生态研究协作组(CALM)微生物组生物信息培训班(2021第一期)近70名学员顺利结业。


CALM微生物组生物信息培训班(2021第一期)邀请了南昌大学徐振江教授、华南师范大学王璋教授、南方医科大学毛琛教授、南方医科大珠江医院何彦教授、南方医科大学余光创教授进行现场讲学授课,老师们倾囊相授,学员们踊跃参与、积极发言,课堂气氛热烈。跟随小编一起观摩下小班培训的要点吧。


专家授课



南昌大学 徐振江教授

徐振江教授以《肠道微生物组meta分析》为题,首先介绍了什么是meta分析,为什么要做meta分析,从而进一步讲述了如何进行meta分析。徐教授主要从确定科学问题、文献阅读、纳排标准、数据下载、进行meta分析几个方面详实地进行介绍。原始数据检索和下载的方式,样本元信息的获取和整合的方法和注意事项。获取数据后,如何对原始数据进行处理,生成OTU表的原理,以及介绍了对不同研究的数据存在批次效应的处理。并介绍了以比对为基础和以组装为基础的宏基因组分析的流程。对想进行meta分析的同仁给出了非常好的指导和方向。


华南师范大学 王璋教授

王璋教授以《气道微生物组meta分析》为题,为我们讲授多组学meta分析的方法。首先,王教授介绍了多组学技术,以及转录组学基本概念。其次,王教授系统地介绍了多组学meta分析的整体流程,具体包括以下八步:菌群公共数据获取、梳理与整合;菌群公共数据下载;菌群公共数据集成处理;菌群公共数据统计学meta分析;宿主转录组统计学meta分析;其他组学数据的获取;多组学公共数据的整合与挖掘;多组学独立验证。王教授详细地讲述了从数据获取到分析的全过程,并推荐了常用数据库以及数据具体的获取方法。最后,王教授从四个方面总结了多组学meta分析的注意事项。数据筛选过程应注意数据获取的全面性,数据梳理的逻辑性和数据整合的系统性;数据处理与质控阶段,注意数据统一流程分析、质控与outlier剔除及数据批次效应评估;统计学meta分析部分,方法上注意合并数据或统计值、合并P值或效应量、固定或随机效应分析;多组学meta分析的关键有菌群代谢建模、代谢物宿主效应评分和独立数据的验证过程。

南方医科大学 毛琛教授

毛琛教授的授课主题为《临床研究中流行病学的地位和作用》。毛琛教授的主要研究兴趣设计健康医疗大数据、老年流行病学、卫生技术评估、临床流行病学、循证医学等领域。毛琛教授从为什么进行临床研究、临床研究中心政策解读、临床研究中流行病学地位地位和作用、健康医疗大数据四个方面进行了详细的介绍。讲座中,毛琛教授为我们重点介绍了基础研究转化为应用性研究的重要性、临床研究中心的组织管理、临床研究中心的建设现状、临床研究中心的总体目标、临床研究中心的重点任务、随机对照临床试验方法、流行病学到临床流行病学、临床流行病学的研究设计等内容。最后,毛琛教授向大家讲解了健康医疗大数据的研究方法。

南方医科大学珠江医院 何彦教授

何彦教授以《微生物组学结果解读与研究设计》为题,首先介绍了菌群荟萃分析的做法及相关文献,然后详细的讲解了菌群分析的环节及生物信息分析的流程,并对菌群研究中的主要结果,包括菌群构成,多样性的概念和指标的含义做了细致的解读。最后从开展一项菌群研究要关注的几项问题展开讨论,包括如何选择科学问题、估算样本量、制定纳排标准和排除混杂因素等。何教授从用生动形象的方法逐一将微生物组学的结果进行了解读,详列了菌群研究的设计的步骤,给初涉微生物组研究的检验工作者有较多的启发。

南方医科大学 余光创教授

余光创教授以《CMAP应用培训》为题,CMAP是珠江医院周宏伟教授团队与余教授团队联合开发的一个微生物组组学数据分析云平台,拥有功能强大且设计良好的交互式界面,综合了主流的微生物组学分析模块构建多样化的分析流程,目的是使未经生物信息学系统培训的研究人员和临床医生能参考目前主流分析方法轻松挖掘微生物组学数据,包括数据预处理,统计分析和可视化。余教授向大家展示了CMAP设计的技术路线、平台分析总览、支撑CMAP强大稳定功能的R包等,不仅可以完成微生物组数据的分析,而且其拥有的可视化方法有助于挖掘常规方法忽视的数据,并现场进行了CMAP实际操作教学。